Die Stadt Neuenburg am Rhein hat eine ungewöhnliche Geschichte. Dem Schicksal der Stadt kann man nur gerecht werden, indem man es in geschichtlicher Darstellung in die großen Zusammenhänge europäischen Werdens hineinstellt.
Die von Berthold IV. von Zähringen um 1175 gegründete Stadt entwickelte sich auch dank ihrer hervorragenden Lage am Rhein rasch nach der Stadtgründung zum bedeutenden Mittelpunkt der Raumschaft. Bereits 1219 wurde Neuenburg am Rhein vom Stauferkaiser Friedrich II. zur freien Reichsstadt erhoben.
Dreimal wurde Neuenburg am Rhein völlig zerstört, 1675 im Holländischen Krieg, 1704 im Spanischen Erbfolgekrieg und als erste deutsche Stadt im zweiten Weltkrieg, im Juni 1940.
Um 1525 verlor die Stadt durch ein verheerendes Rheinhochwasser die Hälfte ihres Stadtgebietes, darunter ihr Verwaltungs- und Geschäftszentrum und das Münster Unserer Lieben Frau.
Das Museum für Stadtgeschichte im Alten Rathaus am Franziskanerplatz zeigt in einem Rundgang die bedeutendsten Ereignisse und Epochen zur Stadtgeschichte.
Exponate zur Frühgeschichte im Raum Neuenburg am Rhein, die Zeit der Stadtgründung, die Erhebung der Stadt zur freien Reichsstadt und den 1331 erfolgten Übergang an das Haus Habsburg, dem Neuenburg am Rhein bis zum Jahre 1806 angehörte.
Der thematisch und zeitlich klar gegliederte Ausstellungsparcours dokumentiert die große Geschichte der Stadt, ihre Bedeutung im Dreiländereck und ihre kriegsbedingten Zerstörungen.